Đây là cũng là năm thứ hai sân chơi giàu ý nghĩa dành cho các CLB futsal Việt Nam được tổ chức và hứa hẹn sẽ tiếp tục mang đến cho khán giả những trận đấu hấp dẫn, kịch tính.

9 CLB đã đăng ký tham dự Giải Fusal Cúp Quốc gia 2016 gồm: Hải Phương Nam Phú Nhuận, Thái Sơn Bắc, Thái Sơn Nam, Sanna Khánh Hòa, Sanatech Khánh Hòa, Tân Hiệp Hưng, Hoàng Thư Đà Nẵng, Cao Bằng và Sài Gòn FC.

Theo quy định của Điều lệ, căn cứ vào kết quả thi đấu tại Giải Futsal Cúp Quốc gia 2015, 5 đội có thành tích tốt nhất là Hải Phương Nam Phú Nhuận (đương kim vô địch), Thái Sơn Nam, Sanna Khánh Hòa, Thái Sơn Bắc, Sanatech Khánh Hòa sẽ được miễn thi đấu Vòng loại. 4 CLB còn lại gồm Tân Hiệp Hưng, Hoàng Thư Đà Nẵng, Cao Bằng và Sài Gòn FC sẽ bốc thăm ngẫu nhiên chia thành 2 cặp đấu. Hai đội thắng sẽ vào thi đấu VCK. Hai đội thua sẽ thi đấu tiếp một trận nữa, đội thắng sẽ giành suất vé cuối cùng tham dự VCK.

Như vậy, VCK sẽ là cuộc cạnh tranh của 8 đội (5 đội vào thẳng và 3 đội vượt qua vòng loại). 8 đội sẽ được bốc thăm thành 4 cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận tương tự như tại vòng loại. Các đội thắng sẽ thi đấu bán kết, chung kết để xếp hạng từ 1 đến 4. Các đội thua sẽ thi đấu để xếp hạng từ 5 đến 8.

Thời gian trận đấu gồm 2 hiệp, mỗi hiệp 20 phút bóng trong cuộc. Nếu sau 2 hiệp thi đấu chính thức tỷ số hòa thì sẽ đá luân lưu 6m để xác định đội thắng.

Vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 23/12 đến 24/12/2016 tại Nhà thi đấu Thái Sơn Nam – TP.HCM. Vòng chung kết được tổ chức tại Nhà thi đấu Rạch Miễu – TP.HCM từ ngày 27/12 đến 30/12/2016.